慢性便秘多數情況下可以通過系統治療得到有效控制或臨床治愈。慢性便秘的治療效果主要與病因類型、病程長短、治療方案依從性等因素相關。
功能性便秘可通過調整膳食結構改善，每日攝入25-30克膳食纖維，推薦食用火龍果、燕麥麩皮、奇亞籽等富含可溶性纖維的食物。適量增加飲水至2000毫升以上，配合規律如廁訓練，建立排便反射。
慢傳輸型便秘需進行腸道動力調節，常用促動力藥物包括莫沙必利、普蘆卡必利等。容積性瀉藥如歐車前親水膠體可增加糞便含水量，滲透性瀉藥如聚乙二醇4000能軟化大便。生物反饋治療對盆底肌協調障礙患者具有顯著療效。
繼發性便秘需處理原發疾病，糖尿病引起的自主神經病變需控制血糖，甲狀腺功能減退者需補充左甲狀腺素。長期服用鈣通道阻滯劑等藥物導致的便秘，應在醫生指導下調整用藥方案。
頑固性便秘患者可考慮骶神經刺激療法，通過植入電極調節腸道神經功能。全結腸傳輸試驗顯示結腸無力者，經嚴格評估后可選擇結腸次全切除術。術后需長期隨訪并配合益生菌制劑維持腸道微生態平衡。
癥狀持續超過3個月或出現便血、體重下降等報警癥狀時，建議消化內科就診完善結腸鏡檢查。老年患者突發便秘需排除腸梗阻等急腹癥，兒童便秘伴腹脹需警惕先天性巨結腸可能。
