電子乙狀結腸鏡檢查通常會有輕微不適感，但多數人可耐受。檢查過程中可能出現脹氣、牽拉感等不適，少數情況下可能因個體差異或操作因素產生明顯痛感。
電子乙狀結腸鏡檢查時，腸鏡通過肛門進入乙狀結腸的過程中會向腸腔內充氣以擴張腸道，此時可能產生腹脹或壓迫感。檢查器械對腸壁的輕微觸碰或牽拉可能引發類似痙攣的不適，但醫生會通過調整進鏡速度和氣體量來減輕反應。多數痛感與患者緊張導致的肌肉緊繃有關，放松配合可顯著降低不適程度。檢查前使用的局部麻醉凝膠也能減少肛門部敏感度。
部分腸道結構異常如腸粘連、憩室炎的患者，或對疼痛閾值較低的人群，可能在腸鏡通過腸道彎曲處時出現短暫銳痛。既往有腹部手術史、盆腔炎癥的患者因可能存在組織粘連，痛感概率略高。若檢查中發現息肉需活檢或切除，器械操作可能引發類似經期腹痛的鈍痛，但持續時間較短。
檢查前2-3天建議低渣飲食，檢查當日空腹4小時以上以減少腸道內容物干擾。檢查后初期可能出現輕微腹脹，適當走動促進排氣可緩解。若出現持續腹痛、便血或發熱需及時就醫。檢查后24小時內避免駕駛或精密操作，因鎮靜藥物可能殘留影響判斷力。日常增加膳食纖維攝入、保持規律排便習慣有助于降低未來檢查時的不適感。
