肝囊腫患者應首診肝膽外科或消化內科，具體選擇需結合囊腫性質與癥狀。主要就診科室有肝膽外科、消化內科、普通外科、超聲介入科、感染科。
1、肝膽外科：
肝膽外科是處理肝囊腫的核心科室，尤其適用于直徑超過5厘米的囊腫或伴有壓迫癥狀者。該科室可開展腹腔鏡囊腫開窗術、肝部分切除術等外科治療，同時能鑒別囊腫是否合并腫瘤性病變。若出現右上腹持續性脹痛、進食后飽脹感或肝功能異常，建議優先選擇此科室。
2、消化內科：
消化內科適合初發小囊腫直徑＜3厘米的診療評估。通過超聲、CT等影像學檢查明確囊腫性質，監測生長速度。對于合并慢性肝炎、脂肪肝等基礎肝病患者，可同步進行肝功能管理和隨訪。若僅體檢偶然發現且無癥狀，可先至該科室定期觀察。
3、普通外科：
基層醫院若無肝膽專科時，普通外科可處理單純性肝囊腫的基礎診療。能完成囊腫穿刺抽液、硬化劑注射等簡單操作，但復雜病例需轉診上級醫院。適合囊腫突然增大伴發熱等急診情況的首診處理。
4、超聲介入科：
超聲介入科專精于影像引導下微創治療，適合不愿手術的單純性大囊腫患者。采用超聲定位下經皮穿刺引流術，創傷小且恢復快。但需注意該方式復發率較高，術后需定期復查超聲監測。
5、感染科：
當肝囊腫合并感染形成肝膿腫時，需轉診感染科進行抗感染治療。常見于囊腫內出血或膽道感染蔓延所致，表現為高熱、寒戰、C反應蛋白升高。需通過血培養、藥敏試驗指導抗生素使用，必要時聯合介入引流。
肝囊腫患者日常需避免劇烈運動以防囊腫破裂，飲食以低脂高蛋白為主，限制動物內臟攝入。每6-12個月復查超聲監測囊腫變化，若出現發熱、黃疸、劇烈腹痛需立即就醫。合并多囊肝患者應定期檢查腎功能，注意血壓控制。無癥狀小囊腫通常無需特殊處理，但需與肝包蟲病、囊腺瘤等疾病進行鑒別診斷。
