黃連羊肝丸和龍膽瀉肝丸不能互相比較，因為兩者的功效，以及治療的病癥略有不同。
黃連羊肝丸由黃連、胡黃連、黃芩、黃柏、龍膽等組成，具有瀉火明目的功效，用于治療肝火旺盛、目赤腫痛、視物昏暗、羞明流淚等癥。而龍膽瀉肝丸由龍膽、柴胡、黃芩、梔子、澤瀉、木通、車前子、當歸、地黃、炙甘草組成，具有清肝膽、利濕熱的功效，用于治療肝膽濕熱、頭暈目赤、耳鳴耳聾、脅痛口苦、尿赤、濕熱帶下等癥。兩者的成分不同，主要功效不同，治療的病癥也略有不同，所以兩者不能比較。另外需要注意由于龍膽瀉肝丸性寒味苦，久服易傷脾胃，所以脾胃虛弱者不宜久服，孕婦及有胃寒者慎用。
