包皮手術通常需掛泌尿外科或男科，部分醫院也可選擇普通外科。具體科室選擇主要與醫院分科設置、手術方式、患者年齡、合并癥情況、術后護理需求等因素相關。
1、泌尿外科：
泌尿外科是處理男性生殖系統疾病的常規科室，包皮環切術屬于其診療范圍。該科室醫生對陰莖解剖結構熟悉，能處理包莖、包皮過長等常見問題，尤其適合合并尿道下裂、隱匿陰莖等泌尿系統畸形的患者。三級醫院通常要求首診泌尿外科。
2、男科專科：
設有男科的醫院可優先選擇，該科室專門解決男性生殖健康問題。醫生在包皮整形美容縫合、敏感神經保護等方面更具經驗，對術后性功能恢復有更系統的隨訪方案，適合對美觀度和功能保留要求較高的成年患者。
3、普通外科：
基層醫院若無泌尿外科分科，可由普通外科接診。該科室醫生掌握傳統包皮環切技術，能處理簡單病例，但復雜情況需轉診上級醫院。兒童患者可選擇有小兒外科資質的綜合醫院。
4、手術方式差異：
傳統縫合手術多在泌尿外科進行，而激光或吻合器手術可能由男科開展。門診手術通常歸屬泌尿外科，需住院的復雜病例可能由整形外科參與。合并糖尿病等基礎疾病者建議選擇三甲醫院多科協作。
5、年齡因素：
兒童患者建議選擇兒童醫院泌尿外科，其器械尺寸和麻醉方式更適配。青少年可選擇設有青春期門診的醫院。成人患者根據手術目的選擇科室，以治療為目的選泌尿外科，以美容改善為主選男科。
術前建議完成血常規、凝血功能等基礎檢查，選擇正規醫療機構就診。術后保持傷口干燥清潔，穿著寬松棉質內褲避免摩擦，兩周內避免劇烈運動。飲食宜清淡富含蛋白質，適當補充維生素C促進傷口愈合，出現異常腫脹或滲血需及時復診。術后1個月需復查評估愈合情況，3個月內避免性生活。
