啟脾丸不宜與含有人參的滋補類藥物、抗菌藥物、消化酶制劑、酸性藥物以及瀉下類藥物同時使用。啟脾丸由人參、白術、茯苓等成分組成，具有健脾和胃的功效，與其他藥物聯用可能影響藥效或產生不良反應。
啟脾丸本身含有人參成分，若與其他人參制劑如生脈飲、參苓白術散等同服，可能導致人參過量。過量攝入人參可能引起心悸、血壓波動等不良反應，尤其對高血壓患者風險更高。兩類藥物功效相近，重復使用可能加重脾胃負擔。
四環素類、喹諾酮類等抗菌藥物可能與啟脾丸中的金屬離子結合形成螯合物，降低抗菌效果。啟脾丸所含礦物質與抗菌藥物聯用會干擾腸道菌群平衡，影響藥物吸收。建議間隔兩小時以上服用，避免相互作用。
胰酶、多酶片等消化酶制劑與啟脾丸聯用可能相互影響作用機制。啟脾丸通過調節脾胃功能改善消化，而消化酶直接補充外源性酶，兩者作用途徑不同。同時使用可能導致消化液分泌紊亂，出現腹脹或腹瀉。
維生素C泡騰片、阿司匹林等酸性藥物可能改變啟脾丸中有效成分的溶解性。酸性環境會使部分中藥成分分解加速，降低健脾效果。長期聯用還可能刺激胃腸黏膜，引發胃部不適癥狀。
大黃、番瀉葉等瀉藥與啟脾丸的健脾止瀉作用相拮抗。啟脾丸用于脾虛泄瀉，而瀉下類藥物促進腸道蠕動，可能抵消其療效。兩類藥物聯用會導致胃腸功能紊亂，加重原有癥狀。
服用啟脾丸期間應避免飲酒及辛辣刺激性食物，以免影響藥效。脾胃虛弱者需注意飲食清淡，適量食用山藥、小米等易消化食物。用藥期間如出現惡心、皮疹等不適，應立即停藥并咨詢醫師。慢性病患者聯合用藥前需告知醫生正在服用的所有藥物，確保用藥安全。中藥調理需遵循療程，不建議自行增減劑量或搭配其他藥物。
