腸套疊手術風險性多數情況下可控。手術風險主要與患者年齡、套疊時間長短、腸管缺血程度以及是否出現穿孔等并發癥有關。
嬰幼兒腸套疊手術風險相對較高，主要由于患兒耐受性較差。套疊時間超過48小時可能引發腸管壞死，此時需切除部分腸管，手術難度和風險顯著增加。腸套疊早期未出現腸壞死時，手術風險較低，多數通過空氣灌腸或手術復位即可解決。
腸套疊手術常見風險包括麻醉意外、術后腸粘連、切口感染等。麻醉風險在嬰幼兒群體中需特別關注，術前需全面評估心肺功能。腸粘連可能導致遠期腸梗阻，術后早期活動可降低發生概率。切口感染與患者自身免疫力及術中無菌操作相關，發生率約3%-5%。
高齡患者或合并基礎疾病者手術風險升高。糖尿病患者術后感染風險增加2-3倍，心血管疾病患者對麻醉耐受性降低。術前控制血糖、改善心肺功能可有效降低手術風險。
少數情況下可能出現嚴重并發癥。腸穿孔患者需緊急手術，術后發生腹腔感染風險達15%-20%。廣泛腸壞死需行腸造瘺術，后續還需二次手術還納，治療周期延長。這類情況多見于延誤診治的病例，強調早期識別和干預的重要性。
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