胎糞吸入綜合征多數情況下可以痊愈。該病的預后與吸入胎糞的量、是否及時干預以及是否出現并發癥密切相關，輕度患兒經規范治療后通常無后遺癥。
胎糞吸入綜合征的治療主要包括呼吸道清理、氧療支持及并發癥防治。新生兒科醫生會通過氣管插管吸引清除氣道內胎糞，必要時使用高頻振蕩通氣或體外膜肺氧合ECMO支持。約80%的患兒在3-7天內癥狀明顯改善，但嚴重病例可能出現持續性肺動脈高壓、氣胸等并發癥。
影響預后的關鍵因素包括胎糞吸入量、分娩時是否及時復蘇、是否合并肺部感染等。早產兒或合并先天性心臟病者恢復周期可能延長。胸部X線顯示彌漫性斑片影的患兒需警惕繼發感染風險。
出現呼吸急促、呻吟樣呼吸或皮膚青紫的新生兒應立即就醫。重癥患兒需在NICU監護治療，出院后應定期隨訪肺功能發育情況。胎糞吸入綜合征的死亡率已降至5%以下，但嚴重病例可能遺留慢性肺疾病。
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