新生兒巨細胞病毒感染多數可以治愈。巨細胞病毒感染的治療效果與感染類型、患兒免疫狀態及干預時機密切相關，主要干預手段包括抗病毒治療、免疫調節及對癥支持。
先天性感染患兒可能出現黃疸、肝脾腫大、小頭畸形等表現，需在出生后72小時內啟動更昔洛韋或纈更昔洛韋抗病毒治療，療程通常持續6周。獲得性感染患兒若出現肺炎、肝炎等嚴重并發癥，同樣需接受抗病毒藥物干預。無癥狀感染者通常無需特殊治療，但需定期監測聽力、視力及神經系統發育。
母乳喂養是母嬰傳播的主要途徑，母親乳汁中若檢出病毒DNA且新生兒為早產或低出生體重兒，建議暫停母乳喂養或進行巴氏消毒。患兒家庭需做好餐具消毒與手衛生，避免交叉感染。
巨細胞病毒感染可能遺留感音神經性耳聾、智力障礙等后遺癥，建議每3-6個月進行發育評估直至3周歲。孕期血清學篩查陽性孕婦應進行羊水穿刺確診，確診胎兒感染者需權衡繼續妊娠風險。
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