金匱腎氣丸不適用于陰虛火旺者、濕熱體質者、孕婦、兒童、感冒發熱患者、高血壓未控制者、糖尿病患者及對成分過敏者。該藥主要針對腎陽虛證，誤用可能加重原有癥狀或引發不良反應。
1、陰虛火旺者：
金匱腎氣丸以溫補腎陽為主，含附子、肉桂等溫熱藥材。陰虛火旺者表現為潮熱盜汗、咽干口燥、舌紅少苔，服用后可能加劇陰虛陽亢癥狀，出現失眠煩躁、血壓升高等反應。此類人群需選用知柏地黃丸等滋陰降火類藥物。
2、濕熱體質者：
體內濕熱壅盛者常見口苦黏膩、大便黏滯、舌苔黃膩等癥狀。金匱腎氣丸的溫補特性可能助濕生熱，誘發皮膚濕疹、泌尿系統感染等病癥。濕熱體質調理應以清熱利濕為主，如選用二妙丸等方劑。
3、孕婦：
方中附子含烏頭類生物堿，雖經炮制仍存在潛在毒性風險。孕婦服用可能影響胎兒發育，尤其妊娠早期器官形成階段更需謹慎。妊娠期用藥需嚴格遵循醫囑，避免使用含毒性成分的中成藥。
4、兒童：
兒童臟腑嬌嫩，對藥物代謝能力較弱。金匱腎氣丸的溫燥成分可能引起性早熟、消化不良等不良反應。兒童腎陽虛證較為罕見，如確需補腎應選用專為兒童設計的溫和制劑，且需在中醫師指導下使用。
5、感冒發熱者：
外感病邪期間服用補益類藥物易導致"閉門留寇"，延緩感冒痊愈。發熱時機體處于亢奮狀態，溫補藥物可能加重體溫升高。建議感冒癥狀完全消失后再考慮服用，急性期應選用解表類藥物。
6、高血壓未控制者：
方中附子、肉桂具有升壓作用，可能抵消降壓藥效果。高血壓患者如血壓波動較大或控制不佳時服用，可能誘發頭痛眩暈等高血壓危象癥狀。需血壓穩定在140/90mmHg以下并經醫生評估后謹慎使用。
7、糖尿病患者：
傳統劑型的金匱腎氣丸含蜂蜜作為粘合劑，每丸約含糖1.2克。血糖控制不良者長期服用可能影響血糖穩定。建議選用無糖型制劑或改為湯劑形式，使用期間需加強血糖監測。
8、成分過敏者：
對熟地黃、山藥、山茱萸等成分過敏者可能出現皮膚瘙癢、皮疹等過敏反應。嚴重者可發生喉頭水腫等過敏性休克癥狀。用藥前應詳細閱讀說明書成分表，有過敏史者需提前告知醫師。
服用金匱腎氣丸期間應避免生冷飲食，適量食用羊肉、核桃等溫補性食物。保持適度運動如八段錦、太極拳等傳統養生功法，避免劇烈運動耗傷陽氣。服藥兩周后癥狀無改善或出現口干咽痛、心悸等不適時需立即停藥就醫。合并慢性病患者用藥前必須進行中醫辨證，避免與西藥產生相互作用。貯藏時需置陰涼干燥處，防止藥物受潮變質影響藥效。
